继发性疾病，特别是细菌性肝脓肿，如果早期发现并积极治疗原发病灶，是能够预防的。对于肝脏的早期阶段，如果能够及时投入大量抗生素进行治疗，并辅以全身支持疗法，就有可能阻止病情恶化，有效防止肝脓肿的形成。
细菌性肝脓肿患者的预后受到多种因素的影响。年龄、体质、原发病灶的状况、脓肿的数量以及治疗的开始时间、彻底性和并发症等都对预后有着密切的关系。年幼和老年患者的预后相对较差，死亡率也较高。相比之下，多发性肝脓肿的死亡率明显高于单发性肝脓肿。在一项统计中，140例多发性肝脓肿的患者中有106例死亡，占比高达75.7%，而单发性肝脓肿的死亡率仅为23.9%。
引起肝脓肿的病菌种类和毒性也对预后有着重要影响。由大肠埃希杆菌、葡萄球菌、链球菌、铜绿假单胞菌等细菌引起的肝脓肿死亡率较高。对于多种药物不敏感的菌种感染者的预后也相对较差。如果患者全身状况较差，有明显的肝功能损害，如低蛋白质血症等，其死亡率会更高。并发症的出现也会显著增加肝脓肿患者的死亡率。例如，脓肿破入腹腔导致的弥漫性腹膜炎、胆道疾病，或合并脓胸或肺脓肿等，都会使病情恶化。
对于单发性肝脓肿症状轻微且无并发症的患者，其预后通常良好。对于细菌性肝脓肿的治疗要求早期诊断、早期治疗，及时使用有效的抗生素，有效排脓，彻底处理原发病灶，以及加强全身支持治疗等。这些措施可以有效降低死亡率。预防和治疗的关键在于积极应对原发病灶，以及及时有效的综合治疗措施的运用。只有这样，我们才能最大限度地保护患者的生命健康。